关键词:
蒙古牛
肉质
基因芯片
选择信号
拷贝数变异
摘要:
蒙古牛原产于蒙古高原地区,是当地牧民不可缺少的乳、肉之源,且役用能力大、持久力强,能吃苦耐劳的优良品种。锡林郭勒草原属温带大陆性气候,风大、干旱和寒冷是其主要气候特点。锡林郭勒盟年均气温3.4℃,寒冷期长达7个月,1月份气温最低,最低温度可达42.4℃。在这种粗放而原始的饲养条件下,蒙古牛仍能正常生存,繁衍后代,具备优良的遗传稳定性。因此,蒙古牛能适应严寒天气和草原纯天然放牧等极恶劣的条件。本研究以放牧蒙古牛为试验动物,利用基因芯片研究了蒙古牛和蒙古牛与乌珠穆沁白牛杂交4代以上形成的乌珠穆沁白牛,分析蒙古牛全基因组拷贝数变异,研究蒙古牛有角无角的血液生化指标,测定了不同体况的蒙古牛肉品质以及营养成分,研究主要包括4个试验,各试验研究内容和结果如下:试验一、不同品种有角和无角牛血液生化指标比较研究。试验在夏季热应激期,随机选取60头内蒙古自治区锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗放牧健康、年龄、体况相近的乌珠穆沁白牛、西门塔尔牛和蒙古牛3个品种的成年母牛,每个品种各20头(有角牛和无角牛各10头)作为试验牛,所有牛自由采食牧草,自由饮水。通过酶联免疫法进行测定免疫、抗氧化指标,血液生化指标,钠离子(Na+)、氯离子(CL-)、钾离子(K+)的含量。结果表明:在夏季热应激期间,西门塔尔牛和蒙古牛的血清Ig A、Ig G和Ig M含量均显著高于乌珠穆沁白牛,说明西门塔尔牛和蒙古牛的免疫功能优于乌珠穆沁白牛。相同品种的有角牛抗氧化能力优于无角牛,三个品种有角牛免疫功能要优于无角牛。在相同放牧条件下,有角牛的身体对炎热的抵抗能力可能优于无角牛,牛角对于机体散热功能有一定促进作用,同时对当地环境的适应能力可能更好,抗逆性和对粗饲料的耐受性均优于无角牛。试验二、不同体况评分蒙古牛肌肉肉品质的比较研究。冬季在内蒙古锡林郭勒盟苏尼特左旗家庭牧场随机选择健康、3岁左右的成年蒙古牛阉割公牛24头作为试验牛。试验牛常年自然放牧,冬季无补饲自由采食牧草和自由饮水。采用9分制评分标准。按照体况评分将其分为3组,每组8头,8分为高分组(FC)、7分为标准组(SC)、5分为低分组(TC)。屠宰后取背最长肌测定其营养成分、矿物质、氨基酸和脂肪酸。结果表明,不同体况评分蒙古牛肌肉人体必需氨基酸含量全部优于FAO/WHO规定的理想蛋白质模式,属于优质蛋白质食品。高分组蒙古牛牛肉中单不饱和脂肪酸含量略高于正常组和低分组蒙古牛,低分组蒙古牛牛肉中多不饱和脂肪酸含量显著高于高分组、正常组蒙古牛。三组蒙古牛MUFA/SFA比值相差不大。高分组蒙古牛具有肌肉色泽深红、p H正常、持水性强和熟肉率高。试验三、蒙古牛全基因组选择信号分析。在内蒙古呼伦贝尔和锡林郭勒草原的家庭牧场中随机选择年龄、体重相近、公母数量相同的蒙古牛50头,并在乌珠穆沁白牛群体中随机选择乌珠穆沁白牛22头,共计72只。记录其生长性状,血液样本使用Gene Seek Genomic Profiler High-Density(GGP HD 150K)进行基因分型,得到的分型结果进行选择信号分析。结果表明,研究利用牛SNPs芯片基因组数据,应用Fst方法构建了蒙古牛全基因组选择信号检测。共获得显著性位点553个,在这些选择区段中注释到143个可能受到正向选择的基因,筛选到的基因主要与生长、繁殖等性状相关。本研究发现与牛生产性状相关的基因:GABRB1、ZNF410、BLCAP、ZFAT、EFR3A、XKR4、TOX、SNX29。影响繁殖等重要经济性状的GABRB1、PPP3CC、NCOA、SERPINA5等基因。试验四、蒙古牛全基因组拷贝数特征分析。使用试验三得到的分型数据,在用PennCNV对分型数据进行CNV(拷贝数变异)的推断前,先用CNVRuler把蒙古牛群体中每个个体的CNV来拼接成CNVR。对拼接而成的CNVR进行q PCR验证,CNVR用Ensembl网站中的Bio Mart进行注释,基因功能富集分析在The Gene Ontology Resource网站(http://***/)进行分析,给蒙古牛全基因组变异图谱绘制。结果表明,本研究基于Geneseek Genomic Profiler High Density(HD)150K SNP array芯片在蒙古牛基因组上共推测鉴定到334个CNVR,长度为65.19Mb,约占基因组大小的12.60(UMD 3.1)。每条染色体上的CNVR的数目在7到21个之间,CNVR数目最少的染色体为8号染色体,数目最多的为5号染色体。CNVR长度占染色体长度的比例在0.35%-6.19%之间,占比最少的染色体是27号染色体,占比最多的是26号染色体。334个CNVR分别为繁殖性状、生产性状、胴体与肉品质相关性状、奶用相关性状、外部特征相关性状以